政治部：主要负责司法行政系统政工人事等方面的工作。
办公室：主要负责行政文秘后勤保障等方面的工作。
计财装备处：主要负责司法行政系统财务和装备等方面的工作。
政策法规处（司法考试办公室）：负责司法行政系统的法制建设和依法行政工作，承担行政听证、复议和应诉工作，开展执法检查活动等；组织实施国家司法考试。
宣传教育处（深圳市普法办公室）：主要负责开展法制宣传教育工作，组织指导全市普及法律常识工作；组织司法行政系统对外宣传报道工作。
律师管理处：主要负责组织实施有关律师工作的法律、法规和规章；办理律师机构的设立、注销、事项变更以及律师执业证的审核工作，办理律师事务所和律师的年检注册；负责查处律师事务所和律师的违法执业行为；指导、监督、管理企事业单位法律顾问和社会法律咨询服务工作；指导、监督境外律师事务所驻本市的办事机构及派驻人员工作等。
公证管理处：主要负责组织实施有关公证工作的法规、规章；审核公证机构的设置；组织公证员考试，审核执业公证员的任命，组织公证机构及公证员的注册；实施公证执业监督检查，查处违规公证和公证行业不正当竞争的行为；协调公证管辖；审核全市范围内有重大影响、复杂疑难的公证案件。
基层管理处：指导、管理人民调解、司法所和基层法律服务工作；负责法律服务所和基层法律服务人员执业证书的年审工作；组织指导基层司法所、人民调解员的法律培训；组织指导对刑释解教人员的安置帮教工作；参与社会治安综合治理工作。